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python neuron 16

[neuron][파이썬] 05. 자극 입력 - Insert a stimulus / (Add point process)

🙆‍♂️ 자극 입력 IClamp라는 객체를 사용해서 포인트 프로세스를 추가할 수 있습니다. stim = h.IClamp(soma(0.5)) 🙋‍♂️ 생성 여부 확인 방법 dir()함수를 사용해서 속성을 확인할 수 있습니다. print(dir(stim)) 앞에 언더바 두개가 있는 속성을 빼고 보고 싶다면 print([i for i in dir(stim) if not i.startswith('__')]) 이렇게 확인이 가능합니다. 전류 클램프의 주요 속성이 3가지가 있습니다. amp - 진폭(nA) delay - 지연 시간 - 켜지는 시간(ms) dur - 지속시간 - 켜져 있는 시간(ms) 입니다. stim.delay = 2 stim.dur = 0.1 stim.amp = 0.9 늘 하던 방법으로 설정할 수..

AI/neuron 2022.07.20

[neuron][파이썬] 04. 이온 채널 입력 - Insert ion channels

🙆‍♂️ 채널 입력하기 soma.insert('hh') Hodgkin-Huxley 채널을 입력하려면 위와 같은 코드로 작성할 수 있습니다. 또 다른 채널인 passive 채널은 pas로 입력할 수 있습니다. 🙋‍♂️ 섹션과 세그먼트 섹션 내의 세그먼트 수는 nseg 속성에 저장됩니다. print(soma.nseg) 위의 코드로 확인할 수 있습니다. 🚀 섹션&세그먼트 접근 섹션의 일부에 접근하려면 0과 1사이의 값을 지정하면 됩니다. 0과 1 사이인 0.5를 지정하면 중간 세그먼트를 얻을 수 있습니다. 섹션에 접근하고 싶다면 이름 별로 접근하고 세그먼트에 접근하고 싶다면 섹션의 위치 별로 접근하면 됩니다. print("type(soma) = {}".format(type(soma))) print("type(..

AI/neuron 2022.07.20

[neuron][파이썬] 03. 셀 형태 속성 설정 - Set the cell's morphological properties

🙆‍♂️ 속성값 설정 soma.L = 20 soma.diam = 20 morphological의 속성값을 변경하려면 위와 같은 방식을 사용하면 됩니다. 출력을 해보면 값이 바뀐 모습을 볼 수 있습니다. 🙋‍♂️ 속성값 확인 법 🚀 dir()함수 사용 dir(soma) 엄청나게 많은 속성들을 확인할 수 있었습니다. dir(h) h의 속성 정보를 확인해보면 어마어마하게 많은 속성들을 확인할 수 있습니다. 🚀 help()함수 사용 dir함수 말고도 help함수를 사용해서 문서로 도움말을 볼 수 있습니다. help(soma.connect) 이렇게 help 함수를 통해 connect 속성의 사용법에 대해 알아볼 수 있습니다. ?soma.connect jupyter notebook으로 사용하면 이렇게 정보창으로 뜨..

AI/neuron 2022.07.20

[neuron][파이썬] 02. 셀 만들기 및 확인 - Create a cell & check

🙆‍♂️ soma 생성하기 - create a section soma는 cell body입니다. 기본적인 구조라고 생각할 수 있습니다. soma = h.Section(name='soma') 이런식으로 soma를 생성할 수 있습니다. 🙋‍♂️ 생성 여부 확인 방법 soma를 생성해도 아무런 출력이 없습니다. 확인하는 방법 4가지에 대해서 알아보겠습니다. 🚀 h.topology() 함수 사용 h.topology() 이 함수를 사용하면 전체 모델의 위상 구조를 표시해서 어떤 섹션끼리 연결되어 있는지 그리고 각 섹션이 몇 개의 세그먼트로 분활되는지를 나타냅니다. 현재는 섹션이 한 개 뿐이라 볼게 없습니다. 소마가 하나 생성되고 세그먼트가 하나 있다는 뜻인데 차차 알아보도록 하겠습니다. 🚀 psection met..

AI/neuron 2022.07.20

[neuron] [개념]파이썬 구현을 위한 뉴런의 구조

🙆‍♂️뉴런의 구조 뉴런은 크게 세 부분으로 이루어져 있습니다. Cell body라고 하는 Soma Dendrites Axon 🚀Cell Body(Soma) - 세포체 세포의 Nucleus(핵)을 포함합니다. 🚀Dendrites - 수상둘기 다른 뉴런으로 부터 신경 신호를 입력 받는 부분입니다. 🚀Axon - 축삭 Axon은 출력을 담당한느 부분입니다. 절연체인 Myelin Sheath 로 감싸져 있습니다. 뉴런의 input값은 가공되어서 axon을 지난 후 뒤 쪽의 axon terminal을 통해서 신경전달물질(neruo-transmitter)를 분비합니다. 그렇게 신경 신호를 전달하게 됩니다.

AI/neuron 개념 2022.07.20

[neuron][파이썬] 01. neuron 라이브러리 시작하기 - 튜토리얼

🙆‍♂️neuron 설치 https://www.neuron.yale.edu/neuron/download Precompiled installers | NEURON If NEURON is already installed, uninstall it before installing a different version. The current standard distribution is version 8.2. It is recommended for most users, especially for new projects. On Linux, just do: pip3 install neuron See other downloa www.neuron.yale.edu 이곳에서 다운로드 할 수 있습니다. 클릭해서 다운로드 Next..

AI/neuron 2022.07.19
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