[neuron][파이썬] 12. 스타일 정의 - Define stylized geometry

 

 

 

 

 

🙆‍♂️ 길이와 직경 설정

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class BallAndStick:
    def __init__(self, gid):
        self._gid = gid
        self.soma = h.Section(name='soma', cell=self)
        self.dend = h.Section(name='dend', cell=self)
        self.dend.connect(self.soma)
        self.soma.L = self.soma.diam = 12.6157
        self.dend.L = 200
        self.dend.diam = 1
    def __repr__(self):
        return 'BallAndStick[{}]'.format(self._gid)

my_cell = BallAndStick(0)

소마의 길이와 직경은 12.6157µm 수상돌기의 길이는 200µm, 직경은 1µm로 설정합니다.

소마의 길이와 직경이 위와 같이 설정된 이유는 표면적이 500µm2로 만들기 때문이라네요.

 

my_cell.soma(0.5).area()

위 명령어로 확인해보면 그렇습니다. area 속성이 표면적을 계산해주나 봅니다.

 

반지름과 길이의 값이 같은 원기둥의 겉넓이는 구의 겉넓이와 같다네요. 우선 패스

 

 

🙋‍♂️ 그래프로 확인

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만든 cell이 그래프로 어떻게 생겼는지 보겠습니다.

 

import matplotlib.pyplot as plt

h.PlotShape(False).plot(plt)

mataplotlib의 pyplot을 import 해주고 확인해보면

 

이렇게 선이하나 나옵니다. 뭔가 잘못된거같은데 다른 방법인 neruon 라이브러리의 내장 gui를 활용해보면

 

from neuron import gui

ps = h.PlotShape(True)
ps.show(0)

되다 말다 하는데 아무튼 주피터 노트북에서는 돌려보고 할 수 있으니 잘 이용해보시면 됩니다.