[neuron][파이썬] 14. 여러 개 시뮬레이션1 - Run the simulation

 

 

 

 

 

🙆‍♂️ 사전작업

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🚀 자극 주입

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시뮬레이션 확인에 앞서 만든 모델에 자극을 주입합니다.

stim = h.IClamp(my_cell.dend(1))

시뮬레이션 시작 후 5ms부터 dendrite 원위부 끝에 자극을 줍니다 .

 

stim.get_segment()

위 코드로 자극이 주입되는 세그먼트를 확인할 수 있습니다.

 

잘 진행되고 있습니다.

dir(stim)을 통해서 stim의 속성 값들을 확인할 수 있는데 더 좋은 코드는

print(', '.join(item for item in dir(stim) if not item.startswith('__')))

위 코드를 이용하면 __를 뺀 속성들만 간단하게 볼 수 있습니다.

 

이렇게 존재합니다.

stim.delay = 5
stim.dur = 1
stim.amp = 0.1

 

다시 정리하면 지연 시간 - 켜지는 시간(delay)와 지속시간 - 켜져 있는 시간(dur), 진폭(amp)입니다.

이 값들을 설정해줍니다.

 

🚀 기록

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두 뉴런 백터값의 세포체 중간의 막전위와 시간을 기록합니다.

soma_v = h.Vector().record(my_cell.soma(0.5)._ref_v)
t = h.Vector().record(h._ref_t)

soma_v값이 막전위 값이고

t는 시간 값 입니다.

 

 

🙋‍♂️ 시뮬레이션 실행

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h.finitialize(-65)

휴지 전위를 -65로 설정하고

h.continuerun(25)

시뮬레이션 지속시간을 25ms로 설정합니다.

 

🤷‍♂️ 결과 보기

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bokeh를 이용해서 결과를 확인해보면

from bokeh.io import output_notebook
import bokeh.plotting as plt
output_notebook()

먼저 초기화를 해주고

f = plt.figure(x_axis_label='t (ms)', y_axis_label='v (mV)')
f.line(t, soma_v, line_width=2)
plt.show(f)

추가 설정을 완료하면 

 

 

그래프가 잘 나오는 모습입니다.